Il Giardino del Museo è situato in uno dei cortili interni della Certosa, di fianco alla Galleria storica del Museo ed è dedicato alle piante spontanee del Monte Pisano; è uno spazio accessibile a tutti, un luogo di relax per i visitatori e un punto di partenza per la conoscenza delle piante del nostro territorio.
La raccolta di minerali iniziò a formarsi nel 1844, quando Leopoldo Pilla portò da Napoli la collezione vesuviana, e si ampliò notevolmente tra la fine del 1800 e l’inizio del 1900 con il contributo di Antonio D’Achiardi e del figlio Giovanni. La galleria dei minerali fu aperta al pubblico nel 1994, riprogettata nel 2002, a seguito dell’acquisizione delle collezioni Cerpelli e D’Amore, e nuovamente riallestita nel 2014 con l’inclusione di nuove collezioni.