Verso la fine del Cinquecento in tutta Europa proliferano le cosiddette Wunderkammern o Raritatkammern (“Camere delle meraviglie” o “Camere delle rarità”).
Assemblate da sovrani, principi e signori appassionati di scienza, queste collezioni includono ogni genere di reperto, senza ordine apparente e senza altro criterio che la rarità e la bizzarria.

Nel 1814 l’Università di Pisa imbocca una svolta storica, rinunciando all’approccio enciclopedico ormai datato e scegliendo di suddividere ufficialmente in settori disciplinari distinti una scienza ormai troppo vasta.
Al professor Gaetano Savi viene affidata la Botanica e al professor Giorgio Santi la Zoologia, la Geologia e la Paleontologia; di conseguenza, ai due sono assegnate rispettivamente la direzione del Giardino dei Semplici, ora Orto Botanico, e quella del Museo, che diviene centro amministrativo autonomo.