Nel 1814 l’Università di Pisa imbocca una svolta storica, rinunciando all’approccio enciclopedico ormai datato e scegliendo di suddividere ufficialmente in settori disciplinari distinti una scienza ormai troppo vasta.
Al professor Gaetano Savi viene affidata la Botanica e al professor Giorgio Santi la Zoologia, la Geologia e la Paleontologia; di conseguenza, ai due sono assegnate rispettivamente la direzione del Giardino dei Semplici, ora Orto Botanico, e quella del Museo, che diviene centro amministrativo autonomo.