Il corpus delle collezioni storiche è rappresentato dal materiale radunato da Paolo Savi nella prima metà dell’Ottocento: l’importanza di tali raccolte risiede soprattutto nel fatto che in esse sono presenti esemplari provenienti da collezioni ormai perdute. Un intervento di restauro è in fase di svolgimento. Le collezioni moderne sono principalmente risultato delle raccolte effettuate nell’ambito di progetti di ricerca del Museo. Di particolare rilevanza i reperti provenienti dalle zone costiere e dall’arcipelago della Toscana, dalla Sardegna, dalla Corsica, dall’Oman e dal Messico.