Sul finire del XIX secolo l’originaria Galleria è dunque ormai suddivisa in tre musei indipendenti, tutti in continua espansione e di indubbia rilevanza scientifica nel panorama nazionale e internazionale.

Tuttavia, lo spazio per l’esposizione è quanto mai circoscritto: le collezioni dei Musei di Zoologia e Anatomia comparata, Geologia e Paleontologia, Mineralogia e Petrografia, chiuse al pubblico sin dal secondo dopoguerra, occupano quasi per intero il primo piano del complesso di edifici posti in via Volta e in via Santa Maria e parte dei locali del convento di Santa Croce in Fossabanda.