Museo di Storia Naturale dell'Università di Pisa

Intorno alla metà del XVII secolo la Galleria pisana va incontro a un periodo di decadenza: nel 1672 il cardinale Leopoldo dei Medici commissiona al danese Niccolò Stenone la stesura di un nuovo inventario degli oggetti presenti nella Galleria, con l’incarico di scegliere e prelevare certe curiosità per la Galleria che si comincia a Firenze.
Malgrado ciò, nel corso del Seicento la Galleria continua ad arricchirsi, grazie all’inglobamento delle collezioni personali dei vari Prefetti.

Nel 1814 l’Università di Pisa imbocca una svolta storica, rinunciando all’approccio enciclopedico ormai datato e scegliendo di suddividere ufficialmente in settori disciplinari distinti una scienza ormai troppo vasta.
Al professor Gaetano Savi viene affidata la Botanica e al professor Giorgio Santi la Zoologia, la Geologia e la Paleontologia; di conseguenza, ai due sono assegnate rispettivamente la direzione del Giardino dei Semplici, ora Orto Botanico, e quella del Museo, che diviene centro amministrativo autonomo.

Sul finire del XIX secolo l’originaria Galleria è dunque ormai suddivisa in tre musei indipendenti, tutti in continua espansione e di indubbia rilevanza scientifica nel panorama nazionale e internazionale.

Tuttavia, lo spazio per l’esposizione è quanto mai circoscritto: le collezioni dei Musei di Zoologia e Anatomia comparata, Geologia e Paleontologia, Mineralogia e Petrografia, chiuse al pubblico sin dal secondo dopoguerra, occupano quasi per intero il primo piano del complesso di edifici posti in via Volta e in via Santa Maria e parte dei locali del convento di Santa Croce in Fossabanda.